La Fundación está gobernada por un órgano colegiado denominado Patronato que debe estar integrado por un mínimo de tres patronos, que pueden ser tanto personas físicas como jurídicas, y en el último caso, públicas o privadas.
El Patronato de la Fundación Banco de Alimentos de Valladolid se designó en el año 2.003 y es el órgano de gobierno y representación de la Fundación. Se encarga, a nivel general de establecer las actividades que ha de desarrollar la Fundación, aprobar los presupuestos, las cuentas anuales y fijar los criterios de actuación.
Los patronos son designados inicialmente en la escritura constitutiva de la Fundación por el o los fundadores, pero pueden serlo también durante la vida de aquélla. El Patronato adoptará sus acuerdos por la mayoría que establezcan los Estatutos.
En el momento actual el Patronato está compuesto del siguiente modo:
